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Saint-Jean de Malte est aujourd’hui un lieu de vie spirituelle et religieuse, lieu de vie ouvert aux arts et aux commémorations, propriété de la Ville d’Aix-en-Provence. La communauté chrétienne de l’église fait partie, depuis le début du XIXème siècle, du diocèse d’Aix en Provence, après avoir été directement liée à la papauté du XIIIème à la Révolution, bénéficiant durant cette période de la possibilité pour le prieur de célébrer la messe pontificale avec mitre et crosse. Une communauté ecclésiastique paroissiale, la Fraternité des moines apostoliques diocésains d’Aix-en-Provence, issue de l’ordre des Dominicains, a été installée dans l’église en 1978. Le supérieur de cette Fraternité est l’archevêque d’Aix-en-Provence. Laudes, messes et vêpres attestent quotidiennement du rôle de cette communauté chrétienne, mais aussi messes dominicales, baptêmes, mariages, enterrements, scandés par l’unique cloche du beffroi. La Fraternité est accompagnée dans ses missions par les Amis de Saint-Jean de Malte, qui participent activement à la communauté et contribuent à l’entretien du monument (nombreuses restaurations dont le nettoyage intérieur de l’église, nouvel orgue par Daniel Kern en 2006, conduite du projet de repose de trois cloches qui vont remplacer celles prises par les troupes de Bonaparte) et à son animation. Par ailleurs les Hospitaliers de Malte continuent aujourd’hui en ce lieu son œuvre caritative en participant à l’aide aux plus pauvres. Sur le plan artistique l’église séduit au prime abord par son architecture intérieure très dépouillée, mais aussi par les tableaux (dont un Christ en Croix d’Eugène Delacroix) et les statues (en particulier celle des comtes Alphonse II et Raymond Béranger V, détruites lors de la Révolution et refaites en 1832). Elle bénéficie de concerts réguliers et de commémorations comme la cérémonie annuelle de bénédiction des calissons d’Aix en septembre de chaque année.